ภูเขาอิมาเดยามะก่อตัวขึ้นราว 110–30 ล้านปีก่อน ในยุคครีเทเชียสตอนต้น เมื่อกิจกรรมภูเขาไฟใต้ทะเลมีความรุนแรง หินอัคนีอย่างแอนดีไซต์ที่อยู่ลึกลงไปใต้ดินถูกดันขึ้นสู่ผิวโลกจนเกิดเป็นรูปร่างของภูเขาในปัจจุบัน รอยแตกภายในภูเขาเปิดทางให้กระแสน้ำแร่ร้อนที่มีทองละลายอยู่ไหลผ่านและเย็นตัวแข็งเป็นสายแร่ทองคำ
ในภูเขาแห่งนี้ยังมีเหมืองทองอิมาเดยามะ ที่ได้สะท้อนประวัติการกำเนิดสายแร่ทองคำตั้งแต่ยุคกลางทางธรณีวิทยา และบอกเล่าเรื่องราวของกาลเวลาที่ยาวนาน